Секвенирование NGS

Набор предназначен для амплификации кДНК, полученных с помощью наборов TeloPrime Full-Length cDNA.

В состав набора входят:

• мастер-микс для ПЦР;
• термостабильная ДНК-полимераза;
• прямой праймер;
• обратный праймер.

Праймеры, входящие в набор, могут быть заменены пользовательскими ген-специфическими праймерами.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор для приготовления цепь-специфичных библиотек для секвенирования РНК, включающий все необходимые компоненты. Библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов. Специфичность при секвенировании достигает 99.9%.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования только на платформе Illumina. Исходным материалом для получения библиотек является РНК после удаления рибосомальной РНК или обогащения поли-А+. Для удаления рибосомальной РНК из образца можно использовать RiboCop rRNA Depletion Kit.

Для работы с набором предлагаются два протокола - для интактной РНК и деградированной РНК (например, из FFPЕ-образцов). В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК.

Для мультиплексирования образцов в состав набора включен комплект баркодов Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7096). Предусмотрена возможность создания мультиплексной библиотеки, включающей до 384 образцов. Для этого рекомендуется двойное индексирование с помощью набора Lexogen i5 6 nt Dual Indexing Add-on Kit.

Набор адаптеров предназначен для приготовления библиотек ДНК для дальнейшего секвенирования методом NGS на платформах Illumina. Использование адаптеров обеспечивает связывание исследуемых фрагментов дцДНК с поверхностью проточной ячейки секвенатора и их идентификацию. Лигирование адаптеров, содержащих уникальные последовательности (индексы), к фрагментам исследуемой дцДНК позволяет однозначно маркировать исследуемые образцы и проводить секвенирование нескольких образцов в одной проточной ячейке.

Лигирование адаптеров и дальнейшее обогащение библиотек рекомендуется проводить с помощью набора для подготовки NGS библиотек LIB Display.

Состав набора адаптеров ADP Display

Набор	Наименование реагента	Значение i	Пробирка, шт.	Номинальный объем, мкл
Набор из 8 адаптеров	Yi	От 1 до 8	8	44
	Вода для ПЦР	–	1	900
Набор из 24 адаптеров	Yi	От 1 до 24	24	44
	Вода для ПЦР	–	3	900
Набор из 96 адаптеров	Yi	От 1 до 96	96	44
	Вода для ПЦР	–	7	1550

• Набор из 8 адаптеров "ADP Display (8)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 8 образцов, всего 32 библиотеки.
• Набор из 24 адаптеров "ADP Display (24)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 24 образца, всего 96 библиотек.
• Набор из 96 адаптеров "ADP Display (96)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 96 образцов, всего 384 библиотеки.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Специализированный набор на основе технологии AmpSeq для подготовки библиотек для платформы секвенирования lon Torrent. Совместно с наборами для подготовки библиотек AmpSeq этот продукт может быть использован для подготовки библиотек ДНК таргетного секвенирования из нескольких групп образцов, подходящих для платформы lon Torrent.

Все адаптеры, прошли тщательную оценку на качество и проверку на функциональность, обеспечат стабильность и повторяетмость подготовки библиотек.

Компоненты для платформы lon Torrent	NA121-01 (12×10 реакций)	NA121-02 (12×10 реакций)	NA121-03 (24×10 реакций)	NA121-04 (24×10 реакций)	NA121-05 (24×10 реакций)
VAHTS AmpSeq Adapters (1-12)	10 мкл каждого	-	-	-	-
VAHTS AmpSeq Adapters (13-24)	-	10 мкл каждого	-	-	-
VAHTS AmpSeq Adapters (25-48)	-	-	10 мкл каждого	-	-
VAHTS AmpSeq Adapters (49-72)	-	-	-	10 мкл каждого	-
VAHTS AmpSeq Adapters (73-96)	-	-	-	-	10 мкл каждого

Хранение при температуре -30… -15 ℃.

Транспортировка при ≤0 ℃.

Примечания

Набор предназначен только для исследовательских целей. Не для использования в диагностических процедурах.

• Перед использованием рекомендуется центрифугирование, чтобы сгенерировать реагент на дне пробирок. В противном случае это может привести к ухудшению качества библиотеки;
• во избежание перекрестной контаминации рекомендуется не открывать пробирки с разными адаптерами в одно и то же время;
• не смешивать адаптеры и лигазу перед использованием, иначе это может привести к самолигированию адаптера;
• не храните этот продукт при температуре выше комнатной во избежание деградации адаптеров и ухудшения эффективности лигирования.

Набор SPLIT RNA Extraction Kit предназначен для быстрого и эффективного выделения РНК, свободной от контаминации геномной ДНК. Выделение РНК производится из животных тканей или клеток. РНК может быть выделена как в виде суммарной РНК, так и в виде двух фракций — больших РНК (более 150 нуклеотидов) и малых РНК (менее 150 нуклеотидов). Это облегчает процедуру анализа мРНК и микроРНК в одном и том же образце.

Содержимое набора позволяет выделить суммарную РНК или фракцию больших РНК из 48 образцов. Если в дополнение к фракции больших РНК надо выделить фракцию малых РНК — набора хватает на 24 образца.

В состав набора входят буферные растворы, спин-колонки для сорбции РНК с диоксидом кремния и специальные колонки phase-lock для разделения водной и органической фазы.

Процесс выделения РНК начинается с гомогенизации образца в лизирующем буфере, содержащем кислый фенол. Затем образцы переносятся в колонки phase-lock, центрифугируются, и к водной фазе добавляется изопропанол. Объём изопропанола зависит от того, какая фракция РНК выделяется. РНК сорбируется на диоксид-кремниевой мембране спин-колонок и элюируется в виде чистого препарата.

Автономное решение для деплеции рибосомальной РНК после подготовки библиотеки. Позволяет уменьшить число фрагментов при картировании РНК, сохраняя больше фрагментов в транскриптоме.

Особенности:

• Эффективное удаление фрагментов рибосомальной РНК из библиотеки;
• идеален для небольшого количества материала и невысокого качества;
• совместимость с большинством наборов для подготовки библиотек РНК, используемых на платформах для секвенирования Illumina;
• универсальный протокол позволяет выполнять деплецию РНК из нескольких библиотек в рамках одной реакции.

Набор для подготовки библиотек NGS, разработанный специально для платформы высокопроизводительного секвенирования Illumina. Вторая версия набора позволяет значительно уменьшить долю прочтений в библиотеке FFPE образцов ДНК с высокой производительностью и повысить надежность обнаружения однонуклеотидных вариаций (SNV). Этот набор объединяет фрагментацию ДНК, репарацию концов и достройку к ним dA-хвостов в один этап.

Состав набора:

Компонент		Объем компонента, мкл
		ND627-01 (24 реакции)	ND627-02 (96 реакций)
FEA Buffer V2		120	480
FEA Enzyme Mix V2		240	960
Rapid Legation Buffer V2		600	4×600
Rapid DNA Ligase V2		120	480
VAHTS HiFi Amplification mix		600	4×600
PCR Primer Mix 3 for Illumina		120	480
Neutralization Buffer		120	480
Control DNA (100 нг/мкл)		10	10

Хранение компонентов набора: при – 20... – 15 °С в течении 18 месяцев, транспортировка при температуре ниже 0 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на высокопроизводительной платформе секвенирования Illumina. Компоненты 3 версии набора оптимизированы для более высокой скорости преобразования матричной ДНК (от 100 пг) в библиотеку NGS. Время реакции составляет всего 45 минут. Набор позволяет исследовать фрагментированную ДНК, вкДНК, ДНК из FFPE образцов и др. Все компоненты набора проходят строгий контроль качества и функциональную проверку, что в максимальной степени обеспечивает стабильность и воспроизводимость построения библиотеки.

Состав набора:

Компонент		Объем компонента, мкл
		ND607-01 (24 реакции)	ND607-02 (96 реакций)
	End Prep Mix 4	360	4×360
	Rapid Legation Buffer 2	600	4×600
	Rapid DNA Ligase	120	480
	VAHTS HiFi Amplification mix	600	4×600
	PCR Primer Mix 3 for Illumina	120	480
	Control DNA (264 п.о., 50 нг/мкл)	10	10

Хранение компонентов набора: при – 20 °С в течении 12 месяцев.