Мы приняли вашу заявку, свяжемся с вами в ближайшее время.
История
История
Секвенирование (определение последовательности ДНК, РНК) перевело биологию из категории описательных дисциплин в разряд точных наук, позволив анализировать не фенотипические проявления генов, а непосредственно первичную последовательность нуклеотидов. Это открыло эру персонализированной медицины (лечение конкретной поломки гена или генов у пациента), дало возможность наблюдать эволюцию на уровне однонуклеотидных замен, оперативно идентифицировать патогены во время вспышек инфекций, легло в основу геномного редактирования CRISPR и сделало возможным сравнительную геномику, количественно изменившую представление о месте человека в природе.
Классическое секвенирование по Сэнгеру долгие годы является «золотым стандартом», которое позволяет прочитать только один фрагмент ДНК за одну реакцию. Это трудоемкий, медленный и дорогой метод, если речь идет о крупных масштабах, например, о расшифровке целого генома или поиске редких мутаций в сотнях образцов. На смену ему пришло NGS (англ. Next Generation Sequencing — секвенирование нового поколения) — высокопроизводительный подход, который прочитывает миллионы разных фрагментов ДНК параллельно. Именно в этом преимущество NGS: скорость, глубина покрытия и стоимость одного прочтенного основания снизились в тысячи раз по сравнению с Сэнгером. NGS обеспечивает высочайшую точность (особенно на коротких прочтениях) и идеален для выявления точечных мутаций, SNP и работы с клинически значимыми панелями генов. NGS незаменим там, где нужен массовый анализ — от поиска соматических мутаций в опухолях до неинвазивной пренатальной диагностики и генотипирования сельскохозяйственных видов.
Однако у NGS есть ограничение: длина индивидуальных прочтений остается относительно небольшой. Когда же требуется охватить протяженные участки генома или обнаружить крупные структурные перестройки, на помощь приходят технологии третьего поколения, т.е. нанопоровое секвенирование.
Нанопоровое секвенирование дает длинные прочтения (десятки и сотни пар оснований), но уступает NGS в точности на отдельных нуклеотидах. Обе технологии не конкурируют, а дополняют друг друга: NGS применяют для прецизионного анализа известных регионов, а нанопоры — для сборки сложных геномов de novo, обнаружения крупных структурных перестроек и эпигенетических модификаций. Таким образом, выбор между NGS и нанопоровым секвенированием диктуется конкретной клинической или исследовательской задачей.
Это высокопроизводительное параллельное прочтение миллионов фрагментов ДНК, позволяющее быстро и точно определять последовательность нуклеотидов в нуклеиновых кислотах. Технология применяется для секвенирования геномов de novo, идентификации бактерий и патогенных грибов, выявления мутаций, SNPs и гетерозиготности. Также секвенирование 2-ого поколения используется в HLA-типировании, генотипировании ВИЧ для анализа лекарственной устойчивости, онкогенетике, популяционной и географической генетике, идентификации личности по SNP-маркерам, а также в молекулярной филогенетике.
Долгие годы лидером в производстве секвенаторов 2 поколения была компания Illumina, США. Со временем и другие компании разработали и стали производить свои приборы. Мы проанализировали доступные альтернативы и отобрали технологии, обеспечивающие сопоставимое качество секвенирования.
Секвенаторы китайских производителей в портфолио Диаэм — оптимальная замена без потери достоверности результатов, закрывающие любой поток и тип образцов: Genemind с циклической обратимый терминацией (CRT) и Cygnus Biosciences, где рост цепи происходит благодаря включения нативных нуклеотидов без образования «молекулярных шрамов».
|
|
Genemind |
Cygnus Biosciences |
|||||
|
FASTASeq S |
Геноскан 3700 |
Геноскан 4000 |
Геноскан 5000 |
Геноскан 6000 |
S100 |
Р1000 |
|
|
Амплификация |
Мостиковая ПЦР |
Секвенирование с коррекцией ошибок |
Мостиковая ПЦР |
||||
|
Метод |
Секвенирование путем синтеза |
Секвенирование с коррекцией ошибок |
Секвенирование путем синтеза |
||||
|
Применения |
НИПТ¹/ПГТ², таргетное секвенирование, малые геномы |
НИПТ/ПГТ, таргетное секвенирование, полный экзом, малые геномы, транскриптом, метагеном |
НИПТ/ПГТ, таргетное секвенирование, полный геном, экзом, транскриптом, метагеном |
НИПТ/ПГТ, таргетное секвенирование, клинический экзом, малые геномы |
НИПТ/ПГТ, таргетное секвенирование, Полный экзом, геном, транскриптом, метагеном |
||
|
Кол-во ячеек |
1 |
2 |
1 |
2 |
|||
|
Длины прочтений |
SE100, PE50, PE150 |
SE50, SE75, PE75, SE150, PE150 |
SE75, SE150, PE75, PE150 |
SE100, SE150, PE50, PE100, PE150 |
SE50, SE100, PE50, PE100, PE150 |
SE50, SE100, SE200, PE100, PE150 |
SE 100, PE100, PE150 |
|
Макс. кол-во данных за запуск |
12 Гб |
150 Гб |
150*2 Гб |
1080 Гб*2 |
14 Тб |
120 Гб |
2 Тб *2 |
|
Кол-во флуорофоров в химии |
4 |
1 |
|||||
|
Качество секвенирования |
Q30>90% |
Q40≥90% |
Q40>85%, Q30>95% |
Q40>85%, Q30>90% |
|||
¹НИПТ — неинвазивный пренатальный тест, ²ПГТ — преимплантационное генетическое тестирование.
FASTASeq S — сверхскоростной секвенатор; обеспечивает получение результатов от подготовки библиотеки до вывода данных за 7 часов для PE150. Макс. выход данных за запуск — 12 Гб, что позвляет использовать его для задач таргетного секвенирования, в репродуктивной медицине (НИПТ/ПГТ), а также для секвенирования малых геномов.
Геноскан 3700 позволяет выполнять секвенирование небольших геномов, таргетное секвенирование как маленьких панелей, так и целых экзомов, выдает до 150 Гб данных за запуск.
Геноскан 4000 — высокопроизводительная платформа, генерирующая до 300 Гб данных за один запуск; подходит для широкого круга задач, вкл. НИПТ, ПГТ, таргетное секвенирование, а также анализ полного генома, экзома, транскриптома и метагенома.
Геноскан 5000 выдает до 1500 ГБ данных за запуск; подходит для лабораторий с большим потоком образцов, в частности для организаций, занимающихся генотипированием сельскохозяйственных видов (КРС, растений), а также для крупных геномных центров на базе научных институтов или клинических центров.
Геноскан 6000 — платформа для секвенирования с рекордной пропускной способностью и исключительным качеством данных, до 14 Тб данных за один запуск; подходит для лабораторий с большим потоком образцов, в частности для организаций, занимающихся генотипированием сельскохозяйственных видов (КРС, растений), а также для крупных геномных центров на базе научных институтов или клинических центров.
Секвенаторы Геноскан зарегистрированы в РФ в качестве медицинского изделия.
Главное новшество Cygnus — отказ от традиционных подходов CRT (циклическая обратимая терминация) и SNA (присоединение единичных нуклеотидов) в пользу гибридной стратегии включения нативных нуклеотидов без образования «молекулярных шрамов». В каждом цикле одновременно подаются два типа нуклеотидов при свободной 3′-OH группе, что позволяет цепи удлиняться до полного исчерпания комплементарных оснований. Три последовательных ортогональных прочтения матрицы с разными комбинациями нуклеотидов дают информацию, обрабатываемую алгоритмом коррекции ошибок, что устраняет большинство ошибок секвенирования и повышает точность прочтения в 10 раз по сравнению со стандартным секвенированием.
Диаэм выбрала технологию Cygnus за её беспрецедентную точность, критически важной для задач прецизионной медицины. Стандартные NGS-платформы недостаточно точны для обнаружения мутаций в фетальной ДНК материнской крови, идентификации редких вариантов в циркулирующей опухолевой ДНК или анализа гетерогенных опухолевых тканей. Технология коррекции ошибок (ECC) решает эту проблему, существенно улучшая качество данных без усложнения пробоподготовки и биоинформатики. Кроме того, использование одного флуоресцентного канала снижает себестоимость реагентов и упрощает оптическую систему, что делает секвенатор S100 доступным и надежным.
S100 — новая стратегия секвенирования с уникальным алгоритмом коррекции ошибок (ECC, error-correction code); макс. выход данных за запуск — 120 Гб, что позвляет использовать его для задач таргетного секвенирования, в репродуктивной медицине (НИПТ/ПГТ), а также для секвенирования малых геномов, экзомов. Отличительная особенность данной модели это точность секвенирования Q40>85%, Q30>90%.
Р1000 — полногемноный секвенатор с производительностью до 4.0 Тб данных за 1 запуск, качество данных Q40>85%; подходит для лабораторий с большим потоком образцов, в частности для агрохолдингов, а также для крупных геномных центров на базе научных институтов или клинических центров.
|
![]() |
|
Система для секвенирования S100 |
Система для секвенирования P1000 |
Нанопоровое секвенирование (секвенирование 3-го поколения) — метод прямого определения нуклеотидной последовательности ДНК или РНК, основанный на прохождении нити нуклеиновой кислоты через белковую пору (нанопору), встроенную в тонкую мембрану. Ключевая особенность метода — возможность получения ультрадлинных прочтений (от десятков килобаз до нескольких мегабаз) без необходимости амплификации или фрагментации. Области применения нанопорого секвенирования очень обширны: полногеномное секвенирование (WGS) (прочтение от теломеры к теломере (T2T), включая сложные регионы (повторы, центромеры)), детекция крупных делеций, инверсий, дупликаций, выявление редких транскриптов и клеточных субпопуляций, метагеномика, сборка полных геномов бактерий из сложных образцов, полиплоидных геномов, детекция эпигенетических изменений и др.
Polyseq Biotechnology является специализирующимся на нанопоровом секвенированни разработчиком и производителем оригинальных нанопоровых белков, полимерной мембраны, чипов. Точность одного прочтения Q20+ на уровне single read, консенсусная точность (50×) — 99,99%, стоимость образца в запуске в 2,7 раза ниже, чем у Oxford Nanopore Technologies (ONT).
|
|
PolySeq ONE (аналог MinlON, ONT) |
PolySeq Hive (аналог GridlON, ONT) |
Polyseq X2 (аналог PromethION Solo, ONT) |
|
Количество чипов |
1 |
6 |
2 |
|
Максимальное количество пор на ячейке |
2560 |
2560 |
15000 |
|
Выход данных, Гб |
60 Гб |
360 Гб |
800 Гб |
Производитель предлагает четыре специализированных набора, каждый из которых оптимизирован под конкретные требования по времени, сложности и масштабу эксперимента.
Диаэм предоставляет полный цикл биоинформатической поддержки — от первичной обработки данных до интерпретации результатов. Наши специалисты помогут решать задачи любой сложности на образцах любого типа: геномных, транскриптомных, метагеномных, а также данных НИПТ и таргетного секвенирования; готовы не просто оказать разовую помощь, а разработать под ключ индивидуальные протоколы биоинформатической обработки, полностью адаптированные под нужды конкретной лаборатории — с учётом её приборной базы, форматов выходных данных и специфики решаемых клинических или исследовательских задач.
|
GeneMind, Китай
Система для высокопроизводительного секвенирования FASTASeq S |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SQ00077
|
|
|
New
|
|
12 960 000, руб.
12 960 000, руб. RUB
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
FASTASeq S — сверхвысокопроизводительная платформа секвенирования. Время выполнения всего процесса — от подготовки финальной библиотеки до вывода финальных данных — составляет всего 2 часа (SE50), 3 часа (SE100) и 6-8 часа (PE150). Эта производительность достигается благодаря синергетической интеграции основных технологий:
В основе работы секвенатора лежит технология SURF-seq, использующая секвенирование синтезом с обратимыми терминаторами (четыре нуклеотида с разными флуорофорами). Процессы генерации ДНК-кластеров, секвенирования и детекции флуоресценции полностью автоматизированы и интегрированы в один прибор. Основные применения системы секвенирования FASTASeq S
Характеристики системы секвенирования FASTASeq S
Комплектация системы секвенирования FASTASeq S
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
ГМ00010
|
|
|
|
РУ
Регистрационное удостоверение на медицинское изделие
Росздравнадзора
|
По запросу По запросу |
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
Прибор зарегистрирован в РФ в качестве медицинского изделия. РЗН 2025/24616. В комплект поставки входит:
Настольный высокопроизводительный NGS-секвенатор для диагностических целей. Имеет возможность проведения генерации кластеров ДНК и секвенирования в одном приборе, без выполнения ручных операций. Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений. Основные области применения NGS-секвенатора Геноскан 4000
Характеристики NGS-секвенатора Геноскан 4000
Комплектация секвенатора Геноскан 4000
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Cygnus Biosciences
Система для высокопроизводительного секвенирования S100 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
112-001-301
|
|
|
|
По запросу По запросу |
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||
|
S100 — это настольный секвенатор, отличающийся компактным размером, интуитивно понятным управлением, высокой точностью секвенирования, гибкостью адаптации к различным сценариям и широким спектром выполняемых задач. Единственный прибор для массового параллельного секвенирования, в котором внедрен алгоритм коррекции ошибок (Error Correction Code), что позволяет повысить точность секвенирования в 10 раз. Генерации кластеров ДНК и секвенирование осуществляются в одном приборе, без выполнения ручных операций. Два режима секвенирования: сверхбыстрый (BitSeq), подходящий для определения количественной структуры цепи (делеции, дупликации, небольшие CNV) и сверхточный (ECC), подходящий и для детекции низкочастотных вариантов. Для удобства управления системой имеется встроенный сенсорный экран. Секвенатор также имеет полный набор программного обеспечения (с возможностью обновления) для управления системой и первичной обработки данных и встроенный аппаратный модуль для ускорения вычислений. Основные применения секвенатора S100
Характеристики секвенатора S100
Комплектация:
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Cygnus Biosciences
Система для высокопроизводительного секвенирования P1000 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
113-001-101
|
|
|
New
|
|
По запросу По запросу |
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
Система для секвенирования P1000 — высокопроизводительный секвенатор от Cygnus Biosciences с производительностью до 2 ТБ данных в сутки. Благодаря технологии LumoSeq, которая является инновационным методом связывания флуоресцентной метки, обеспечивает получение длинных ридов без «молекулярных шрамов» после отщепления нуклеотидов, что повышает точность данных. При помощи технологии AttoSeal Microfluidics реализует секвенирование в ультрамалых объемах, где реагенты доставляются в ячейку через инертную масляную фазу, что снижает их расход и повышает рентабельность. В сочетании с высокоточная полимеразой и интегрированной химической реакции, при которой синтез и считывание происходят в одном процессе, улучшается детекция сигналов и обеспечивается высокая скорость работы, что гарантирует высочайшую надежность результатов. Основные применения системы секвенирования P1000:
Характеристики системы секвенирования P1000
Комплектация системы секвенирования P1000:
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-NSR001
|
|
|
|
По запросу По запросу |
|
|
|
||||||||||||||||||||||||||||
|
PolyseqOne — это портативная система нанопорового секвенирования средней производительности, позволяющая проводить анализ в режиме реального времени. Компания Polyseq Biotechnology разработала собственные нанопоровые белки, наборы для подготовки библиотек и секвенирования, конструкцию чипа, программную инженерию и алгоритмы глубокого обучения. Нанопоровые белки закреплены на полимерной мембране, которая окружена электролитным раствором с обеих сторон. Ионы электролита проходят через нанопору, создавая постоянный электрический ток. Молекулы ДНК или РНК обладают электрическим зарядом, и под действием электрического поля одноцепочечные молекулы проходят через нанопору от отрицательно заряженной стороны (cis) к положительно заряженной (trans). Поскольку размер и заряд нуклеотидов различаются, ток через пору изменяется (возникают флуктуации). Эти колебания регистрируются и с помощью распознавания паттернов преобразуются в последовательность ДНК. Основные применения нанопорового секвенатора Polyseq One
Характеристики нанопорового секвенатора Polyseq One
Комплектация нанопорового секвенатора Polyseq One
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-NSR101
|
|
|
New
|
|
По запросу По запросу |
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
PolySeq Hive — это следующий в линейке нанопоровых секвенаторов от компании Polyseq Biotech. В отличии от Polyseq One, оснащен шестью независимыми проточными ячейками. Система сохранила все преимущества предшественника, Polyseq One: простую пробоподготовку, без необходимости докупать реактивы у других производителей и быстрое считывание последовательностей любой длины. Шесть ячеек позволяют проводить шесть параллельных независимых экспериментов, что удобно для лабораторий с большим объёмом исследований. Общий объём информации о последовательности ДНК, полученный с помощью PolySeq Hive, может быть до 360 Гб. Основные применения нанопорого секвенатора PolySeq Hive
Характеристики нанопорого секвенатора PolySeq Hive
Комплектация нанопорого секвенатора PolySeq Hive
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-NSR201
|
|
|
New
|
|
По запросу По запросу |
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
Polyseq X2 — высокопроизводительный нанопоровый секвенатор нового поколения от компании Polyseq Biotech, разработанная для решения масштабных геномных задач. Отличается от моделей Polyseq One/Hive технологически усовершенствованной чиповой матрицей, переработанной мембраной и системой стабилизации поровых белков. Адаптированные алгоритмы шумоподавления и улучшенная обработки сигнала обеспечивают высокое качество данных. Максимальная производительность платформы достигает 800 Гб на выходе. Основные применения нанопорого секвенатора Polyseq X2
Характеристики нанопорого секвенатора Polyseq X2
Комплектация нанопорого секвенатора Polyseq X2
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Polyseq Biotech
Universal Library Prep Kit, 6 реакций |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-DNA101
|
|
|
New
|
|
132 424, руб.
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
Набор используется для создания библиотек на платформе PolySeq, включает в себя все реактивы для пробоподготоки и непосредственно нанопорового секвенирования. Подготовка библиотек с применением данного набора включает два этапа: в первом идет репарация концов и достройка к ним dA-хвостов, во втором — лигирование адаптера секвенирования. Набор рассчитан на 6 реакций. Особенности набора
Состав набора
Условия хранение: ферменты и буферы набора Universal Library Prep Kit необходимо хранить при -20 °C. DNA Purifying Beads (DPB) набора могут храниться при температуре от +4 °C до +8 °C. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Polyseq Biotech
Rapid Library Prep Kit, 6 реакций |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-DNA201
|
|
|
New
|
|
119 505, руб.
|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||||||
|
Набор используется для создания библиотек на платформе PolySeq, включает в себя все реактивы для пробоподготоки и непосредственно нанопорового секвенирования. Процесс подготовки библиотек с помощью набора включает два этапа: в первом идет фрагментирование исходной ДНК транспозазным ферментативным компексом, а во втором — лигирование адаптера секвенирования. Набор рассчитан на 6 реакций. Особенности набора
Состав набора
Хранение компонентов набора: ферменты и буферы набора Rapid Library Prep Kit необходимо хранить при -20 °C. DNA Purifying Beads (DPB) набора могут храниться при температуре от +4 °C до +8 °C. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Polyseq Biotech
Transposase-based Barcode Kit, 6 реакций |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
PY-DTB101
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Набор содержит 24 различных комплекса транспозазы, промаркированные уникальными бакродами. При использовании в сочетании с набором Barcoding Library Preparation kit (PY-BLP101) для подготовки библиотеки, позволяет одновременно секвенировать до 24 образцов. Набор рассчитан на 6 реакций. Особенности набора
Состав набора
Хранение компонентов набора: ферменты и буферы набора Transposase-based Barcode Kit необходимо хранить при -20 °С. DNA Purifying Beads (DPB) набора могут храниться при температуре от +4 °C до +8 °C. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
См. также:
Выделение и очистка нуклеиновых кислотС помощью личного кабинета Вы сможете:
Сравнение